test_fragment.sh

#!/bin/env sh

samtools=/home/cl15/rutger/tools/samtools-1.3/samtools

infile="$1"
area="$2"
#"chr14:54105534-54106443"

#
if [ ! -e temp.sort.bam ]; then
    $samtools sort -o temp.sort.bam $infile
fi
$samtools index temp.sort.bam
$samtools view -o temp.subset.bam temp.sort.bam $area
$samtools sort -no temp.namesort.bam temp.subset.bam
$samtools view -o temp.matrix.bam -f 0x0001 -F 0x0004 -F 0x0008 -F 0x0100 -F 0x0800 temp.namesort.bam