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pHDee/config-hicpro.txt
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92 lines (71 sloc)
2.69 KB
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| # Please change the variable settings below if necessary | |
| ######################################################################### | |
| ## Paths and Settings - Do not edit ! | |
| ######################################################################### | |
| TMP_DIR = tmp | |
| LOGS_DIR = logs | |
| BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results | |
| MAPC_OUTPUT = hic_results | |
| RAW_DIR = rawdata | |
| ####################################################################### | |
| ## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !! | |
| ####################################################################### | |
| N_CPU = 48 | |
| LOGFILE = hicpro.log | |
| JOB_NAME = | |
| JOB_MEM = | |
| JOB_WALLTIME = | |
| JOB_QUEUE = | |
| JOB_MAIL = | |
| ######################################################################### | |
| ## Data | |
| ######################################################################### | |
| PAIR1_EXT = _R1 | |
| PAIR2_EXT = _R2 | |
| ####################################################################### | |
| ## Alignment options | |
| ####################################################################### | |
| FORMAT = phred33 | |
| MIN_MAPQ = 0 | |
| BOWTIE2_IDX_PATH = /TL/stat_learn/work/snikumbh/data/genome_data/bowtie2_indices | |
| BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder | |
| BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder | |
| ####################################################################### | |
| ## Annotation files | |
| ####################################################################### | |
| REFERENCE_GENOME = hg19 | |
| GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes | |
| ####################################################################### | |
| ## Allele specific analysis | |
| ####################################################################### | |
| ALLELE_SPECIFIC_SNP = | |
| ####################################################################### | |
| ## Digestion Hi-C | |
| ####################################################################### | |
| GENOME_FRAGMENT = MboI_resfrag_hg19.bed | |
| LIGATION_SITE = GATC | |
| MIN_FRAG_SIZE = 100 | |
| MAX_FRAG_SIZE = 100000 | |
| MIN_INSERT_SIZE = 100 | |
| MAX_INSERT_SIZE = 600 | |
| ####################################################################### | |
| ## Hi-C processing | |
| ####################################################################### | |
| MIN_CIS_DIST = | |
| GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1 | |
| GET_PROCESS_SAM = 1 | |
| RM_SINGLETON = 1 | |
| RM_MULTI = 1 | |
| RM_DUP = 1 | |
| ####################################################################### | |
| ## Contact Maps | |
| ####################################################################### | |
| BIN_SIZE = 1000000 | |
| MATRIX_FORMAT = upper | |
| ####################################################################### | |
| ## Normalization | |
| ####################################################################### | |
| MAX_ITER = 100 | |
| FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02 | |
| FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0 | |
| EPS = 0.1 |